呼吸道微生物群是肺部微生物群落,由下呼吸道特别是粘膜层和上皮表面发现的多种复杂微生物组成。这些微生物包括细菌、真菌、病毒和噬菌体。微生物群的细菌部分得到了更仔细的研究。它由九个核心属组成:普氏菌属、鞘氨醇单胞菌属、假单胞菌属、不动杆菌属、梭杆菌属、巨球菌属、韦荣球菌属、葡萄球菌属和链球菌属。它们是需氧菌、厌氧菌和耐氧菌。微生物群落在特定个体中差异很大,由大约 140 个不同的科组成。例如,支气管树每平方厘米表面平均含有 2000 个细菌基因组。呼吸道标本中也经常检测到有害或潜在有害的细菌。最重要的是卡他莫拉菌、流感嗜血杆菌和肺炎链球菌。众所周知,它们在特定条件下(即人体免疫系统受损时)会导致呼吸系统疾病。它们在健康个体的下呼吸道中持续存在的机制尚不清楚。肺部微生物群中常见的真菌属构成了肺分枝菌群,包括念珠菌属、马拉色菌属、新萨托菌属、酵母菌属和曲霉属等。